El Reino de Guatemala o la Capitanía General de Guatemala (que comprendía el territorio que hoy ocupan Guatemala, El Salvador, Honduras, Nicaragua y Costa Rica), logró su independencia de España en 1822 y permaneció unida a México hasta 1823. A partir de 1824 las provincias que conformaban la capitanía decidieron formar la Federación de Estados Centroamericanos, federación que se mantuvo unida hasta el año de 1838, fecha en la que se disolvió para formar repúblicas libres e independientes. En ese mismo año, México estableció relaciones diplomáticas con la República de El Salvador.
El siguiente hito importante de la relación se presentó en 1916 cuando el gobierno de Venustiano Carranza obsequió una estación inalámbrica a El Salvador en reciprocidad al envió de cinco mil fusiles y un pequeño grupo de hombres por parte del Presidente salvadoreño Carlos Meléndez, para que se sumaran a las fuerzas constitucionalistas en su lucha en contra de Victoriano Huerta. En 1917, como un nuevo gesto de amistad, el gobierno mexicano dona un avión biplano a la Escuela Politécnica de El Salvador y éste país hace entrega al de México de un terreno para la construcción de la legación mexicana en la capital de El Salvador. Cabe señalar que igualmente en 1917, ante la erupción del volcán de San Salvador, México envió la cantidad de treinta mil pesos oro nacional para auxiliar a la víctimas de esa catástrofe.
A lo largo del siglo XX las relaciones bilaterales fueron acrecentándose paulatinamente. En 1923, El Salvador apoyó el ingreso de México a la Sociedad de las Naciones. En 1943, ambos países decidieron elevar al rango de Embajada sus respectivas representaciones diplomáticas.
México tuvo una destacada participación en la negociación de los Acuerdos de Paz de El Salvador. Luego de diversas reuniones celebradas en nuestro país (13 de las 22 reuniones sostenidas entre el gobierno de El Salvador, el FMLN y el Representante del Secretario General de las Naciones Unidas), el 27 de abril de 1991 el gobierno de El Salvador y el FMLN suscribieron los llamados “Acuerdos de México”. La participación de nuestro país, reconocida internacionalmente, fue reforzada con la decisión de las partes de suscribir en el Castillo de Chapultepec, el Acuerdo Definitivo de Paz, también llamado “Acuerdo de Chapultepec”, el 16 de enero de 1992.
Actualmente México y El Salvador disponen de una red de mecanismos de concertación destinados a delinear y poner en marcha la cooperación bilateral entre los que destaca la Comisión Binacional, creada en julio de 1993, misma que se ha reunido en cinco ocasiones (septiembre de 1995, mayo de 1997, mayo de 2000, marzo de 2004 y abril de 2006).
Ambos países han suscrito más de 15 instrumentos intergubernamentales en distintos rubros. Por su importancia destaca el Tratado de Libre Comercio suscrito por México y el llamado Triángulo del Norte (Honduras, Guatemala y El Salvador) en junio de 2000. A los instrumentos de carácter bilateral se suman los de alcance regional, como el Acuerdo de San José, del cual El Salvador es parte desde 1980, el Mecanismo de Diálogo y Concertación de Tuxtla, y el Plan Puebla-Panamá.
Esta gama de iniciativas ha estado reforzada por los encuentros constantes entre funcionarios de alto nivel de México y El Salvador. Entre las más recientes destaca la visita de Estado a México del Presidente Antonio Saca, el 16 y 17 de mayo de 2005, y la del Ministro de Relaciones Exteriores Francisco Laínez, en el marco de la V Reunión Binacional, los días 6 y 7 de abril de 2006. El Presidente Vicente Fox ha realizado visitas a El Salvador en junio de 2001 y diciembre de 2004. El Secretario de Relaciones Exteriores, Luis Ernesto Derbez acudió a la toma de posesión del Presidente Antonio Saca y encabezó la delegación mexicana que participó en la IV Reunión de la Comisión Binacional en marzo de 2004.
Por su parte, el Presidente Felipe Calderón ha realizado dos visitas a El Salvador. La primera en su calidad de Presidente electo, el 3 de octubre de 2006. La segunda fue el 16 de enero de 2007, con motivo del XV Aniversario de la firma del referido Acuerdo de Chapultepec.
Ayuda de México para atender casos de emergencia en El Salvador
Debido a los terremotos del 13 de enero y 13 de febrero de 2001, el gobierno de México canalizó ayuda humanitaria inmediata, enviando un contingente de 543 personas entre especialistas en rescate y atención a víctimas en desastres naturales. Por su parte, el pueblo de México remitió 308 toneladas de ayuda humanitaria (alimentos, medicamentos y ropa). Además, envió un avión Hércules con media tonelada de alimentos y medicinas; un helicóptero M-17 para rescate; una ambulancia especializada con equipo de traumatología; 5 brigadas médicas, con un vehículo y cinco miembros cada una; y 65 miembros del ejército mexicano que atendieron damnificados en el hospital provisional en San Vicente.
Ante la epidemia de dengue registrada en El Salvador, entre enero y febrero de 2002, el gobierno de México dispuso una brigada médica y el equipo necesario para combatir ese mal.
Debido a las fuertes lluvias ocasionadas por el “Huracán Stan” en El Salvador, el gobierno de México envió el 8 de octubre de 2005, ayuda en especie al gobierno salvadoreño, consistente en 16 toneladas de alimentos y otros artículos básicos.