Durante los últimos años uno de los principales desafíos en el ámbito de la cooperación bilateral fue la institucionalización del Fondo Conjunto de Cooperación Internacional y del mecanismo responsable de la cooperación bilateral: la Comisión de Cooperación, establecidos en el marco del AAE. La Comisión celebró la Primera Reunión Ordinaria el 24 de abril de 2007 en la que se aprobó el reglamento y las bases de operación del Fondo.

A cinco años de operación, el Fondo Conjunto no sólo consolidó su andamiaje institucional (lineamientos, fiscalización, procesos internos, evaluación, etc.) sino que ha logrado constituirse en un mecanismo novedoso dentro de los esquemas de Cooperación Sur-Sur, reconociéndose como modelo tanto por las Naciones Unidas como por la OCDE. Asimismo, el Fondo ha coadyuvado a reforzar la alianza estratégica entre ambos países, impulsando el acercamiento en los ámbitos de: justicia, desarrollo social, ciencia y tecnología, gestión pública, desarrollo forestal, competitividad, comercio, migración, fomento productivo, seguridad pública, educación, medio ambiente y cultura.

A 2012 el Fondo ha financiado 45 proyectos bilaterales y la Comisión de Cooperación ha celebrado siete reuniones ordinarias y cinco extraordinarias, con lo que se ha otorgado un dinamismo a la relación bilateral sin precedentes, toda vez que el portafolio de proyectos bilaterales de 1999 a 2006 sólo contempló 11 acciones de cooperación y la Comisión Mixta de Cooperación Técnica y Científica había sesionado sólo en cuatro ocasiones, siendo la última en 2004.

Lo anterior refleja que, gracias a la voluntad política de ambos países de aportar dos millones de dólares al Fondo, se logró establecer un mecanismo que brindara eficacia a las acciones de cooperación, generando así una mayor vinculación de las instituciones de ambos países a favor del desarrollo; con un impacto directo en universidades, gobiernos estatales y municipales, organizaciones, ciudadanos y funcionarios de gobierno, y no sólo a entidades de gobierno cercanas a los centros científicos o a las cancillerías. Contar con recursos asegurados para la cooperación ha permitido a México refrendar su histórica solidaridad con Chile, principalmente frente a catástrofes naturales, como lo fue el ofrecimiento del gobierno de México para reorientar los recursos 2009 y 2010 del Fondo a proyectos en apoyo a la reconstrucción de Chile.

Hasta el presente año, uno de los pendientes había sido la cooperación bilateral en apoyo a terceros países, objetivo establecido en el AAE. Sin embargo, durante 2012 se ejecutaron dos proyectos: el primero en apoyo al Ministerio de Economía de Haití y el segundo la difusión, a través de un Seminario, de las prácticas migratorias exitosas de ambos países y dentro del cual se financiará la participación de diversos países de América Latina.

Del 25 al 28 de febrero de 2013 se llevó a cabo la II Reunión del Grupo Técnico del Fondo Conjunto, a fin de preseleccionar los proyectos de la Convocatoria 2012 que fueron evaluados por expertos de ambos países, y que deberán ser aprobados en la próxima reunión de la Comisión de Cooperación y después sancionados por los Cancilleres.