En su nivel más alto, el acuerdo establece lasCumbres Presidenciales Bianuales como el máximo órgano político de la relación. Estas reuniones entre los jefes de Estado y de Gobierno de ambas partes están concebidas para fijar la dirección estratégica de la asociación, abordar los temas prioritarios de la agenda global y proyectar a México y a la UE como socios con responsabilidades compartidas frente a los grandes desafíos del mundo.

Para la operación cotidiana del acuerdo, el AGM fortalece el Consejo Conjunto y el Comité Conjunto, los órganos intergubernamentales que supervisan el buen funcionamiento de la relación. De estos cuerpos se desprenden subcomités especializados con periodicidad definida, entre ellos un Subcomité de Anticorrupción y un Subcomité de Comercio y Desarrollo Sostenible, encargados de implementar los compromisos, monitorear avances y facilitar la solución de diferencias en sus respectivas áreas.

El acuerdo también amplía y democratiza los espacios de participación institucional. La Comisión Parlamentaria Mixta México–UE, integrada por el Parlamento Europeo y el Congreso de la Unión, se reúne dos veces al año para dar seguimiento al acuerdo desde la perspectiva legislativa. 

Mediante los Grupos Consultivos Nacionales y el Foro de la Sociedad Civil, organizaciones de la sociedad civil, sindicatos y asociaciones empresariales de ambas partes tienen la posibilidad de emitir opiniones y presentar recomendaciones directamente a sus respectivos gobiernos, en sesiones que corren en paralelo a las del Comité Conjunto.